معاون پژوهشی مؤسسه، عهده‌دار سیاست‌گذاری، برنامه‌ریزی، اداره و هدایت امور مربوط به فعالیت‌های پژوهشي در راستای سیاست‌های کلان و اهداف راهبردی و برنامه اقدام مؤسسه می‌باشد. ایجاد ارتباطات علمی و پژوهشی با دانشگاه‌ها و مؤسسات تحقیقاتی داخل و خارج از کشور؛ برگزاری سمینارها و همایش‌های علمی؛ فراهم نمودن تمهیدات لازم به‌منظور بهره‌گیری بهینه از امکانات، ظرفیت‌ها و توانایی‌های بالقوه مؤسسه در جهت اجرای پژوهش‌های بنیادی و کاربردی؛ تولید دانش، اشاعه و ارائه دستاوردهای پژوهشی در حوزه جمعیت‌شناسی کشور؛ ایجاد تسهیلات در راستای ارتقای علمی و پژوهشی و ارتقای مرتبه اعضای هیأت علمی از دیگر وظایف معاون پژوهشی است. در حال حاضر آقای دکتر جواد شجاعی به عنوان سرپرست معاونت پژوهشی منصوب گردیده است.